Desa Baning Kota dahulunya bernamakan Kampung Banin Tertong, Nama Banin diambil dari nama Binatang Banin yang mirip binatang kura–kura tapi lebih kecil dari kura–kura, Kampung Banin Tertong ini berdiri sejak jaman kerajaan Sintang. 

Desa Banin Tertong pada saat itu dipimpin oleh seorang yang diberi gelar LELA WANGSA oleh kerajaan dan Pemerintahan berjalan sesuai dengan sistim Kerajaan.

Selanjutnya pada tahun 1932 Kampung Banin Tertong dipimpin oleh seorang Kepala Kampung yang benama TANGGUK YUNUS.

Ditengah perjalanan Pemerintahan TANGUK YUNUS, pada tahun 1971 Kampung Banin Tertung dimekarkan menjadi 2 Kampung yaitu Kampung Baning dan Kampung Tertong. Kampung Banin Diperintah oleh Kepala Kampung TANGGUK YUNUS dan Kampung Tertong diperintah Kepala Kampung MUHAMMAD SAAD (MAT LOKANG).

Pada Pertengahan tahun 1988 berakhirlah masa jabatan Kepala Kampung TANGGUK YUNUS dan digantikan Oleh NURMIN Sebagai Kepala kampung.

Pada Tahun 1988 masa pemerintahan Kepala Kampung Nurmin terjadi program Pemerintah yang disebut Degruoping Desa yaitu perubahan sebutan Kampung menjadi Desa. Pada saat perubahan sebutan Kampung menjadi Desa bergabunglan Kampung Nenak Tembulan ke Desa Banin. Pada saat itu nama Kampung Banin berubah pula menjadi Desa Baning Kota.

Dari Kampung Baning sampai dengan menjadi Desa Baning Kota, telah dipimpin oleh 5 Orang Kepala Kampung / Kepala Desa dan 1 orang Penjabat Kepala Desa :

1. Pertama Kali (1) Kampung Banin dipimpin oleh seorang yang diberi gelar LELA WANGSA dimasa Pemerintahan sistim Kerajaan.
2. Selanjutnya yang Kedua (2) Kampung Banin dipimpin Oleh Bapak TANGGUK YUNUS, dimulai sejak Jaman Penjajahan Kolonial Belanda dan Penjajahan Jepang dari tahun 1932 Sampai dijaman Kemerdekaan Tahun 1988.
3. Kemudian yang Ketiga (3) dipimpin Oleh Bapak NURMIN, dari Tahun 1988–2007 (selama 2 Periode pemerintahan), diera Pemerintahan Pak NURMIN Desa Baning Kota ini mulai berkembang Pesat dengan dibuka nya Jalur Jalan Lintas Sintang–Putussibau yang sekarang disebut dengan Jalan YC Oevang Oeray, kemudian dengan dibangunannya Perumahan KPR BTN maka Jumlah Penduduk Desa Baning Kota bertambah dengan Pesat, dan didukung oleh pembukaan Sekolah di Desa Baning Kota dari Tingkat TK sampai Universitas serta pusat sarana olah raga terbesar di Kabupaten Sintang yaitu Komplek Olah Raga Stadion Baning.
4. Selanjutnya yang Keempat Desa Baning Kota dipimpin Oleh Bapak KAYUNG, Dimulai dari Periode Pertama September 2007 s/d Juli 2013, dan Periode Kedua Agustus 2013 s/d Agustus 2019, dan dimasa inilah geliat pembangunan dibidang perekonomian sangat meningkat ini terbukti dengan banyaknya pembangunan RUKO, Hotel, SPBU, Bank, sehingga Desa Baning Kota menjadi Kota Pusat Perekonomian.
5. Setelah masa jabatan Bapak KAYUNG sebagai Kepala Desa Baning Kota telah berakhir pada bulan September 2019, maka untuk mengisi kekosongan Jabatan Kepala Desa Baning Kota diangkatlah Penjabat Kepala Desa Baning Kota yaitu Ibu HASNAH, S.IP Kasi Pelayanan Kecamatan Sintang. Pada Masa Kepemimpinan Ibu Hasnah, S.IP Tahun 2020 Status Desa Baning Kota yang sebelumnya Desa Maju menjadi Desa Mandiri, pada tahun yang sama terjadinya pandemi Covid-19 yang melanda Indonesia. Dampak dari pandemi Covid-19 sangat mempengaruhi perekonomian masyarakatk hususnya masyarakat Desa Baning Kota dimana menurunnya pendapatan atau penghasilan masyarakat.
6. Pada Pemilihan Kepala Desa tanggal 18 Oktober 2021 terpihlah Bapak MURYADI, A.Md. Sebagai Kepala Desa Baning kota Kelima dengan masa jabatan 2021-2027, tahun pertama kepemimpinan Bapak MURYADI, A.Md menghadapi situasi yang sulit, yaitu bencana non alam dan bencana alam. Bencana non alam yaitu Pandemi Covid-19 yang melanda Indonesia khususnya Desa Baning Kota, selanjutnya bencana alam berupa banjir besar yang terjadi di Kabupaten Sintang yang mana Desa Baning Kota menjadi salah satu desa yang terdampak parah akibat bencana banjir tersebut.